Đội Bóng Tia Chớp SS3
Inazuma Eleven Go: Chrono Stone lấy bối cảnh sau Giải đấu Bóng đá Đường thánh. Người hùng của thời điểm này, Tenma Matsukaze, đã đi khắp Nhật Bản để dạy bóng đá cho trẻ em.
Anh trở lại trường trung học Raimon sau khi hoàn thành nhiệm vụ của mình, nhưng thật ngạc nhiên, đó không còn là trường trung học Raimon mà anh nhớ nữa. Câu lạc bộ bóng đá không tồn tại và các thành viên của đội vô địch trong Giải đấu bóng đá Holy Road không có hồi ức về việc tham gia giải đấu. Họ không nhớ Tenma hay trò chơi bóng đá mà họ yêu thích. Khi Tenma cảm thấy bối rối trước tình huống này, Alpha, thủ lĩnh của Route Agents và là đội trưởng của đội Protocol Omega, bất ngờ xuất hiện trước mặt anh. Alpha tuyên bố rằng anh và đội của mình có trách nhiệm xóa sạch niềm đam mê bóng đá trong Raimon cùng với ký ức của các thành viên câu lạc bộ bóng đá: và Tenma là người tiếp theo.
Đó là khi một cậu bé lạ mặt tên là Fei Rune xuất hiện đúng lúc để cứu cậu. Fei là ai, và tại sao Alpha lại muốn loại bỏ bóng đá vì mục đích tốt? Tenma biết rằng anh ấy cần phải làm mọi thứ trong khả năng của mình để chiến thắng. Đó là trận chiến có thể định đoạt số phận của bóng đá mãi mãi.
